Nomeado pelo jornalista de São Francisco M. H. de Young, este edifício é um redesenho completamente reformulado do museu original, inaugurado em 1895 como resultado da Exposição Internacional da Califórnia de 1894. Após o terramoto da Loma Prieta em 1989, que devastou completamente a estrutura original do edifício, a direcção da de Young começou a trabalhar para financiar uma reestruturação do edifício, e o vencedor do concurso para a sua remodelação no final dos anos 90 foi o aclamado arquitecto suíço Jacques Herzog & Pierre de Meuron.
A Herzog & de Meuron desenvolveu a ideia de um exterior com tela perfurada variável que espelharia a folhagem verde e a silvicultura do Golden Gate Park, o parque central de São Francisco. Os arquitetos trabalharam com a Zahner, cujos engenheiros e especialistas em software desenvolveram um sistema que permitia uma perfuração única e covinhas padronizadas, de tamanho variável e colocadas no exterior. Isto incluiu mais de 8000 painéis únicos, cujo todo coletivo formou o padrão de luz através das árvores - literalmente. Esta foi a primeira iteração do Processo Algorítmico Relacional e Interpretativo de Zahner, ou o Processo ZIRA™
Na época, esse processo algorítmico em mosaico estava emergindo, mas não era desenvolvido no uso de metal perfurado e estampado. Zahner montou uma equipe de desenvolvedores e engenheiros de software para auxiliar neste avanço tecnológico.
Os arquitetos criaram uma foto tirada apontada para cima através das árvores, e em várias partes do museu, a luz é filtrada através do sistema perfurado de buracos, revelando sombras de forma e forma semelhantes às das árvores reais.
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